1945年11月，内蒙古自治运动联合会成立。为了培养军政干部， 1946年3月15日，由内蒙古自治运动联合会与中共冀热辽分局商定在昭盟赤峰创办的内蒙古自治学院正式开学。乌兰夫兼任院长、金起铣任副院长。学院"以培养忠实为内蒙古人民解放事业服务，建设新民主主义内蒙古的各种人才为宗旨"。招收了来自热河省、昭盟和辽宁阜新的蒙古族青年和知识分子300多人。任课教师有从延安陕北公学来的汪士汉、李啸风等，有蒙古族蒙汉语兼通的知识分子戈瓦、王松龄、清格尔泰、浩路等。师生全部享受供给制待遇。是年7月，乌兰夫调内蒙古军政学院教务处长齐永存来自治学院任教育长，调军政学院工作的布赫、李明等八九位干部充实自治学院的干部队伍。同时建立了由齐永存任书记的学院党支部，在学员中发展党员，发挥党组织的战斗堡垒作用。

自治学院同样设有行政部、中学部和军事部。行政部学员有200多名，包括一部分在职进修的联合会干部。中学部有50多名学员，年龄在15至20岁以下，多数为中小学生，其中有20名是从赤峰市"常氏女中"（后改名"毓正女中"）转来的女生。军事部于是年7月开学，60名学员大多数是从行政部挑选出的。以适应内蒙古人民自卫军的需要，尽快培养一批蒙古族军事干部。

自治学院开设政治理论课（内容有社会发展史、社会常识、中国革命问题、民族政策、毛泽东著作等）、青年修养、国内外时事，蒙古语文等。理论课采用上大课、听报告、分组讨论、辅导教师释疑解难的教学方式。

自治学院的工作由教务处（主任王松龄）和总务处（主任图布）管理。此外还设有业余文工队，布赫任艺术指导。王焰、珠兰等六七位文艺爱好者为骨干队员。1946年4月，内蒙古自治运动联合会以文工队为基础，建立了内蒙古文工团。可以说内蒙古的第一个专业文艺团体是自治学院奠定的基础。

1946年5月，乌兰夫、刘春等在承德参加"四三"会议后来到赤峰，专程到自治学院看望师生，乌兰夫作了关于内蒙古统一自治运动问题的专题报告。他介绍了"四三"会议实现了东西蒙统一自治，特别明确地指出在中国共产党的领导下，开展统一自治，而非"独立自治"，这是蒙古民族解放的唯一正确的道路。乌兰夫的报告，给学员们留下深刻的印象，当年听过报告的健在的老同志，至今仍然记忆犹新。7月由戈瓦带领蒙语班的20多名学员下乡，分两个组分别到林东和大板，参加了一个月的减租反霸斗争。学员们经过斗争实践，加深了对开展自治运动意义的理解。

同年10月，国民党军队进逼赤峰，学院经过一个多月的前期筹备工作，于11月初北撤林东继续办学。开始抽调大部分学员组成"热中专署征粮工作队"，到各旗为卓昭纵队进行征粮工作，于12月底回院继续学习。同时，内蒙古军政学院由张家口迁至林东，两校合并后，由左智任副教育长和党支部副书记。取消了中学部，行政部编为5个班，有3个蒙语班、2个汉语班，重点进行革命的启蒙教育，使学生认识国民党反动派是蒙汉人民的共同敌人，跟着共产党实现民族解放。军事部扩大为3个中队。

1947年初，学院从林东、林西、喀喇沁和开鲁等旗县招收了500多名学员。2月，乌兰夫、刘春来到林东看望师生，向大家作了解放战争的形　势报告，宣布内蒙古自治政府即将成立这一振奋人心的消息。"五一"大会召开时学院派戈瓦等参加了这一具有划时代意义的大会。内蒙古自治政府成立的喜讯传到学院，全体师生倍受鼓舞，欢呼雀跃。6月，内蒙古共产党工委调齐永存、李啸风带图布新、李明、黄静涛、丁郁民、清格尔泰、金如海、图布、浩路等20多名教职员工前往齐齐哈尔创办内蒙古军政大学。6月赤峰解放，学院重返赤峰，撤销了军事部，恢复中学部，增设高中班、蒙文班、普通班和师范班；共招收学生300多人。8月，中共冀热辽分局决定将设在赤峰的建国学院（后改行政学院）、鲁迅艺术学院与内蒙古自治学院合并，成立冀热辽联合大学。由分局宣传部长赵毅敏任校长。

1947年9月至1948年5月，"联大"学员参加了土地改革。原自治学院年龄较大的学员组成两个土改工作团，参加昭盟一些旗县的土改工作，贯彻中央《土地法大纲》，发动农民斗地主、分土地、分浮财，组织群众支前，动员青年参军，支援解放战争。在土改中学员们与贫苦农民同吃、同住 、同劳动，交"穷朋友"，得到实践锻炼，受到一次生动的政治斗争教育。有40多名年龄较小的学员参加了热辽军区后方医院做护理伤员的工作。土改和护理工作完成后，回校继续学习。

自治学院的办学特点有四：一是学习与实践相结合；二是学员在艰苦条件下学习，发扬延安作风；三是开展生动活泼的文艺活动，宣传群众；四是校办工厂、农牧场。学员一边学习，一边劳动，还支援了解放战争。

学院开办三年多，共发展中共党员240名，青年团员146名，培养和培训干部2000多名，是三所院校培养人数最多的一所。学员成为自治区各级领导干部、科技人员、艺术家、医生、教师等，为内蒙古的革命和建设做出重要贡献。