九卿有大九卿、小九卿之说，特指六部及督察院、通政司、大理寺。明代大九卿为六部尚书、督御史、通政使、大理寺卿；小九卿为太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事府詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、苑马寺卿、尚宝寺卿。清代在谕旨中常以六部、九卿并称，六部上述不计算在九卿之内。

各朝代有关九卿的记载不一致，只是笼统的名称，泛指高级官员。九卿值房即为清代较为高级的官员等待皇帝接见、召见的地方。