结构基因组学是一门研究生物中所有的蛋白质结构。主要利用实验方式(X-射线晶体衍射、核磁共振质谱)或计算方式(Homology Modeling)。和传统结构生物学不同的是，利用结构基因组学方法测定蛋白质结构时通常知道蛋白质的功用。这令科学家创立了结构生物资讯学—利用三维结构来估计蛋白质功用。结构基因组学重视快速、大量(high throughput) 的蛋白质结构测定。