两条DNA链在形成氢链时，其互补的单链区能精确地相互对齐。然而，假设一段链有１２个核苷酸，则它偶然遇见另一条同长度的单链正好与它完全互补的机会几乎是绝无仅有的。因此，某个基因中的一个片段（只要它足够长）被该基因或另一基因中的另一段相配合一般是不可能的。然而，在罕见的情况下，当染色体的两个不同部位正好有相当高的同源性，那么错误的相配也会发生，从而会引起大段核苷酸的插入或缺失，称为交叉错误。