云南红河多歧苏铁自然保护区位于云南省红河哈尼族彝族自治州（以下简称红河州）的东南部，东经103度 22分 49秒 －103度 28分19秒，北纬22度 59分 48秒－23度4分 05秒 ，地处元江（红河州内称红河）中游北岸，于个旧市、蒙自县、屏边苗族自治县、河口县之间，保护区东面是河口县，南面是金平苗族瑶族傣族自治县，东南是屏边苗族自治县，北面是个旧市和蒙自县，拟建自然保护区面积为31.95平方公里。