黑河多鳞铲颌鱼国家级水产种质资源保护区总面积6098公顷，其中核心区面积1650公顷，实验区面积4448公顷。核心区特别保护期为每年4月6日-8月31日。保护区地处陕西省西安市周至县境内的黑河流域，包括黑河主河道及大蟒河、陈家河、就峪河等15条支流流域，均为秦岭的北坡。保护区东至赤峪河，西连太白县，南接周至国家级自然保护区，北到黄池河入黑河口，范围在东经107°46′22″-108°26′22″，北纬33°43′07″-34°11′45″之间。核心区位于黑河主河道甘峪湾至钓鱼台，范围在东经107°46′22″-108°12′38″，北纬33°52′01″-34°03′15″之间。实验区位于黑河支流，西至花耳坪河，东至赤峪河，其中包括黄池河、骆峪河、就峪河、柳叶河、陈家河、大蟒河、虎豹河、王家河、清水河、花耳坪河、太平河、板房子河、田峪河、赤峪河，范围在东经107°49′05″-108°26′31″，北纬33°43′07″-34°11′45″之间。主要保护对象是多鳞铲颌鱼，其他保护物种包括渭河裸重唇鱼、山溪鲵、秦巴北鲵、秦岭细鳞鲑、大鲵、水獭等。