1991年, 由日本的一些从事有机农产品种植、加工及销售的企业和个人发起成立了日本有机农产品认证协会, 1993年更名为日本有机和自然食品协会(简称JONA)。 JONA是会员制的非营利社团法人,协会的宗旨是通过建立有机食品认证标准、推行有机食品认证来促进有机食品的生产和消费,同时通过有机食品的可持续性生产来改善和保护乡村生态环境及人们的生活环境,造福子孙后代。

2000年6月,日本政府颁布了有机JAS法,规定了日本的有机食品国家标准。2000年8月,JONA在日本农林水产省注册后成为注册认证机构,按照有机日本农林规格(有机JAS)进行着有机JAS农产品及加工产品的认证工作。现有法人正会员约450家,个人正会员35人，另外还有120家左右的法人准会员(只给一家正会员供货的企业)。累计有机JAS标准认证项目550个,另外还有按照JONA自订标准实施的认证项目120多个。2006年3月1日，伴随着日本有机JAS法的全面改订,JONA成为首批按照新JAS法规定重新注册的有机JAS认证机构。

JONA应日本会员企业的要求,自2000年8月开始对会员企业的中国供货商实施有机JAS认证,现有近50家中国企业的90多个项目取得了认证。在2002年8月JONA通过了国际有机运动联盟(IFOAM)对有机食品认证机构的认证,使JONA的有机认证享有世界级的信誉。为了确保有机食品生产企业在其生产制造中的有机性,及遵照国际有机运动联盟关于发展有机食品生产国自身的有机认证机构的宗旨,JONA与国家环境保护部有机食品发展中心(OFDC)建立了良好的业务合作关系。

除了日本国内和中国以外,JONA在澳大利亚、美国、智利、阿根廷、巴西、印度、土耳其等国家也有按照有机JAS标准认证的项目。