在分子克隆中，经常会遇到这样的情况，测序纯化蛋白可得到一段短氨基酸序列，由于遗传密码子的简并性，许多寡核苷酸可能编码这一段氨基酸。然而在这些寡核苷酸中，只有一种与目的基因编码序列完全匹配。因为无法预知究竟那一种寡核苷酸是该基因的真正配对物，只能合成含所有编码可能的寡核苷酸组合库来作为探针。根据氨基酸序列的长度及每一位置的简并核苷酸数，组合库可能含多达数百个寡核苷酸。如果能建立一种杂交条件，使仅有完全匹配的寡核苷酸与目的基因能形成稳定的杂交体，那么目的基因的克隆就能很容易地从基因组或cDNA文库中分离出来.