分子混合指由水分子的传导、扩散、交换等作用，引起质量、热量和动量转移，导致相邻水层间的物理、化学特性趋于均匀的现象和过程。分子混合的扩散、热传导和摩擦系数远较紊动混合小得多，因而，在水体混合中，分子混合的作用远较紊动混合为小。