应永年间，畠山满泰筑。

天正十三年（1585），伊达政宗对二本松城邻近的大内氏支城小手森城的屠城令二本松城主畠山义继非常惊恐，投降了伊达家。但是领地被没收使义继怀恨在心，施计将政宗父辉宗杀死。在政宗的疯狂进攻下二本松城落，义继自刃。

后来，二本松城被并入会津，作为会津黑川城的支城。经历了伊达、蒲生、上杉、松平几代领主。