对角线电泳从理论上分析是一种特殊的双向电泳

目前其主要作用是膜蛋白的分离鉴定，确定二硫键和蛋白质复合物的研究

对角线电泳最经典的用途当属二硫键的确定：

样品蛋白质经硫氧还蛋白处理后，利用荧光巯基探针标记巯基，目标蛋白会带上荧光探针。再进行对角线电泳时，如果发现目标蛋白存在分子内二硫键，则经处理后所得的点位于对角线的上方；如果目标蛋白存在分子间二硫键，则经处理后得到的点位于对角线的下方。

同时对角线电泳有一定缺点：

(1)检测低丰度蛋白的敏感性不够；(2)一些分子量过大(>200 kDa)、极酸性或极碱性蛋白在电泳中会丢失；(3)高疏水性蛋白或不溶性蛋白得不到较好的检测；(4)重复性问题