杜文秀起义是由杜文秀（是中国云南省永昌府人，回族，清朝民变领袖）领导的一场反清政权起义。

鸦片战争后，云南的汉、回地主，商人，因争夺矿权和绅权的矛盾加剧，汉回两族间仇杀不断发生。清政府采取“汉强则助汉杀回，回强则助回杀汉”的反动政策，有意制造和扩大民族矛盾。

1856年5月，冲突进一步扩大，楚雄一带无家可归的回民进入昆明。云南巡抚阿密令屠杀全省回民，各地回民纷纷组织起来反抗。不久，全省回民起义队伍汇合成两大支。以杜文秀为首的一支，就是活动在云南西部的回民起义军。杜文秀以清政府官吏贪污滥杀为由，于云南蒙化一地号召回民反抗清朝政权，之外，也联合当地汉族及其他民族的民众参与该反清斗争。起事后，他攻陷大理等云南50座城市，与占据昆明的马如龙遥遥相对；不久，建制平南，自任大元帅。

1867年，马如龙投降清朝的岑毓英，而杜文秀转攻昆明不成，自此情势逆转。1869年，清朝军队反攻，杜文秀军队转为失利。

1872年12月，清军围攻大理，杜文秀被迫服毒身亡。以杜文秀为首的大理政权，坚持斗争16年而告终。