鄱阳湖生态环境研究所将突出“生态环境保护是核心、发展生态经济是关键”的理念，以鄱阳湖为核心，以鄱阳湖城市群为依托，以保护生态环境、促进经济发展为目标，开展鄱阳湖生态经济区的生态环境调查、矿产开发、油气资源评价等工作。鄱阳湖生态环境研究所近期将加快浅层地热能资源评价与研究，发展可再生清洁能源；积极推进城市周边和风景名胜区的地热水研究和勘探工作，加快城市周边和风景名胜区的地热水资源勘查；加强建设项目地质环境影响评价，服务鄱阳湖湖控工程等重大工程建设；开展示范县市“地下水资源综合研究”，促进地下水的开发利用，让宝贵的地下水资源更好地为经济建设、新农村建设、安全饮水工程建设等服务。