舟曲县疾控中心（原舟曲县卫生防疫站）始成立于1974年，2002年与县卫生局卫生监督所分设后重组为舟曲县疾控中心。

中心位于舟曲县城关镇南门，占地面积1000平方米，建筑面积800平方米。在卫生局领导积极争取下于2005年10月竣工落成的舟曲县疾控中心综合实验楼投入使用后，建筑使用面积可望达到1400平方米。

中心现有职工38名，其中专业技术人员34名，其他人员4名；男24名，女14名；中级职称9名，初级职称25名；党员职工19名，普通职工19名；副科级以上干部3名。

中心内设传防科、卫生科、结防科、地方病科、检验科和办公室共6个科室，承担全县22个乡镇210个行政村13万多人民群众的计划免疫、传染病管理、结核病、地方病、艾滋病的预防控制和各项卫生监测检验工作。

中心透视室现有200mAX光机一台，可开展对结核病的透视、拍片工作，是我中心发现和诊断结核病的重要业务设备。检验室现有光学显微镜两台、721比色计1台、水温箱1台、可开展肝功、三系统化验，餐饮具消毒监测、公共场所消毒监测、医院消毒监测、寄生虫检查、碘盐定量分析和食品、水质等的一般项目理化分析。