蛋白质分离主要根据五种原理：分子大小、溶解度、电荷、吸附性质、对配体分子的生物学亲和力等。

一、根据分子大小不同的纯化方法

1.透析和超过滤

透析（dialysis）是利用蛋白质分子不能通过半透膜的性质，使蛋白质和其它小分子物质分开。常用的半透膜是玻璃纸或称赛璐玢纸（cellophane paper）、火棉纸（celloidin paper）和其它改型纤维素材料。

2.密度梯度离心

3.凝胶过滤

二、利用溶解度差别的纯化方法

1.等电点沉淀和pH控制

2.蛋白质的盐溶和盐析

3.有机溶剂分级分离法

4.温度对蛋白质溶解度的影响

三、根据电荷不同的纯化方法

1.电泳

2.聚丙烯酰胺凝胶电泳

3.毛细管电泳

4.等电聚焦

5.层析聚焦

6.离子交换层析

四、利用选择性吸附的纯化方法

1.羟磷灰石层析

2.疏水作用层析

五、利用对配体的特异性生物学亲和力的分离纯化

六、高效液相层析和快速蛋白质液相层析