中国水产科学院海洋贝类研究室现建有三个功能不同的实验室:1、海洋贝类生态学实验室：主要开展贝类人工繁殖与养殖生物学研究，新优品种质资源研究实验室：主要进行细胞生物学、分子生物学等方面的研究，外来种对本地生态系统影响的评估；2、贝类群体遗传学和种质资源研究实验室：主要进行细胞生物学、分子生物学等方面的研究，逐步建立主要滩涂养殖贝类种质标准资源数据库；3、重要海洋经济贝类遗传育种实验室：开展选择育种、杂交育种、多倍体育种、DNA分子标记辅助育种等研究，逐步建立起养殖贝类良种培育体系。

在研项目有：文蛤大规模人工育苗技术（与中科院海洋所合作的国家863项目）；不同种群泥蚶肉质及其细胞和分子表达（与宁波大学合作的国家自然科学基金项目）；海水贝类大规格苗种无附着基集约化技术示范（省科技厅重大招标项目）；泥蚶良种选育技术研究（省重点项目）；海笋人工繁育技术研究；文蛤不同地理种群遗传多样和良种选取育技术研究等工作。