中国热带农业科学院分析测试中心成立于1984年，现位于海南省海口市，是农业部“六五”期间利用世行贷款投资兴建的全国农业科研测试中心之一。分析测试中心拥有一支高素质人才队伍，同时还拥有一批配套齐全的先进仪器设备，如：液质联用仪、液相色谱仪、气质联用仪、气相色谱仪、离子色谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、等离子体发射光谱仪、原子吸收分光光度计、原子荧光分光光度计、紫外分光光度计、红外分光光度计、分子荧光分光光度计和扫描电子显微镜等，价值约3000万元。 分析测试中心下设的管理机构有：综合办公室、科研办公室、财务科、仪器设备管理维修室。业务室有：检测一室、检测二室、农药残留试验室、热带农业标准研究室、热带农产品风险评估研究室、热带农产品检测技术研究室、热带天然产物及安全评价研究室和热带农业环境质量及安全研究室等。

1998年经农业部批准筹建部级产品质量监督检验测试中心，受中国热带农业科学院委托，分析测试中心组建了农业部热带农产品质量监督检验测试中心（以下简称质检中心），质检中心于2001年通过首次国家计量认证和农业部机构认可“双认证”评审，2009年通过了第二次复评审。2003年经农业部农产品质量安全中心授权成为农业部无公害农产品定点检测机构，同年经农业部农药检定所授权成为农业部农药登记残留试验认证单位。2004年经中国绿色食品发展中心授权成为绿色食品产品质量和产地环境定点监测机构。目前获得授权检验的产品有331 个，涉及农产品食品、饲料、肥料和产地环境等；检测参数283个，包括药物残留类、元素类、维生素类、氨基酸类和脂肪酸类等。

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