中国农业科学院深圳生物育种创新研究院，由中国农业科学院、深圳华大基因研究院共创，2011年11月15日揭牌暨与国际水稻研究所合作签约、重大科研项目启动仪式在深圳市会展中心桂花厅举行。此举标志着“中国农业科学院深圳生物育种创新研究院”成立。

研究院与国际水稻所举行合作签约仪式并宣布全球3000份水稻核心种质资源重测序项目正式启动，这寓意水稻全基因组分子育种的全面展开。

中国农业科学院的技术储备、人才团队、国际合作等国家级的农业研究实力及综合优势将与华大基因研究院在基因组研究上的强大技术优势结合起来，在创新研究院开展全球水稻核心种质的重测序及数据库的搭建工作，包括对约3,000份水稻育种相关核心种质和约8,000份重要种质（总共超过10,000份）的基因组重测序和相应的数据库搭建，并快速建立水稻核心种质的基因型和重要农艺性状的表型数据库，规模化发掘优良基因，突破水稻复杂性状分子改良的技术瓶颈，加快高产、优质、广适性新品种培育的进程，全面提升我国水稻分子育种水平。