民盟南京地方组织始于1946年5月，当时民盟总部由重庆迁至南京蓝家庄15号办公。以陶行知为首的总部迁京委员会兼负筹建南京市支部的任务。5月9日，他们在玄武湖一艘游艇上开会，决定由到会的七人组成南京市支部临时筹备委员会，陶行知兼任主委。 随着抗战的胜利，国民政府还都和民盟总部迁宁，南京市盟员人数由20余人增至200余人，先后组建了10个区分部，20个基层小组。1947年10月，国民党反动政府悍然宣布民盟为“非法团体”，民盟总部被迫解散，沈钧儒、章伯钧等一部分中央委员出走香港。南京市地方组织建立了区分部紧急应变联席会议，作为二线应变机构，转入地下，继续与国民党反动派进行斗争。组织盟员秘密集会，进行形势教育，介绍国共两党谈判真相，揭露国民党假和谈、真内战，假民主、真独裁的阴谋，并组建了友社、现实社、职业青年社、社会科学研究会、民生建设学会、知行补习学校、中国石膏工艺社、新民通讯社等外围团体，向所联系的群众作宣传。

1948年1月，民盟一届三中全会在香港召开，决定恢复总部，宣布“与中共携手合作，为彻底摧毁南京反动政府，为实现民主、和平、独立、统一的新中国而奋斗到底。”南京市民盟支部贯彻民盟总部的精神，秘密翻印毛泽东的《新民主主义论》，抄收解放区电台电讯，秘密刻印《南京通讯》，制定了《迎接解放工作要点（十四条）》，要求基层贯彻执行。号召盟员坚守岗位，团结群众，保护公共财产及档案资料，防止敌人破坏。南京解放前夕，连夜赶印《欢迎中国人民解放军，告南京人民书》6万余份，发动盟员连夜书写欢迎标语数千张，于黎明前张贴、散发，为迎接解放南京做了大量的实际工作。

南京解放后，继续与中共南京地方组织通力合作，团结民盟盟员和所联系的文教科技界中上层知识分子，为促进南京的社会主义建设和祖国统一事业而奋斗。1956年7月，民盟南京市支部改为民盟南京市委员会。1977年组织恢复活动后，民盟南京市委加强对盟员的政治思想教育、盟史盟章教育。通过各种形式的学习班、培训班、讲座、报告会等，提高全市盟员学习邓小平理论和坚持中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的自觉性，鼓励并引导广大盟员继承和发扬民盟与中共亲密合作的优良传统，坚定不移地接受中国共产党的领导。认真搞好政治交接，提高成员整体素质。

新时期，民盟市委把工作重点转移到社会主义现代化建设上来，积极参政议政，发挥自身的特点和优势，为改革开放和社会主义现代化建设事业作出了积极的贡献。每年都组织盟内专家，就社会热点、难点问题开展调研，提出可行性建议供研究和决策参考。这几年提出的《加强我市青少年校外教育基地建设的建议》、《建议尽快制定处理中小学生意外伤害事故的法规》、《《加强中小学生思想道德教育的建议 》、《南京城墙现状和保护》、《关于筹建六朝墓葬博物馆》、《历史街区的保护刻不容缓》、《我市部分企业拖欠职工工资的现状与对策 》、《刑事法律援助工作面临的问题和建议》、《关注我市教育热点，办人民满意的义务教育》、《关于加强职务犯罪预防工作的建议》等调研报告受到有关部门的高度评价。目前，关于文教和法律法规问题的调研和建言献策已成为民盟南京市委的工作特色。 近年来，民盟南京市委还利用信息的渠道参政议政 ，加强了对信息的收集和上报，并建立了信息员队伍和网络，围绕党和国家的大政方针、中心工作，及时反映盟员的思想动态和建议，帮助党和政府全面掌握实际情况，推进决策的民主化和科学化。1998年上报的《 阳山碑材的保护迫在眉睫》，使政府有关部门及时了解到文物遭损情况，市委书记、市长作了批示，建议最终得到落实。信息成为履行职能的一项经常性的工作。

目前，市民盟拥有各级人大代表和政协委员114人，民盟市委重视发挥他们在参政议政上的作用，每年“两会”前夕，除了向基层支部发放提案征集表外，还专门召开动员会，鼓励代表和委员深入到盟员中去，收集提案，为“两会”做好准备，力求使普通盟员和所联系的群众的建议、意见能通过他们反映上去。市民盟盟员中有48位同志被有关部门聘为特约人员或行风评议员。他们认真履行民主监督的权力，为促进党政机关公正廉洁执法、改变工作作风做出了贡献。

民盟盟员在认真做好本职工作的基础上，面向社会开展各种类型的社会服务，直接为南京的两个文明建设出力，在社会上树立了良好的形象。多年来，民盟市委为贫困地区捐款助学，为薄弱学校送教。关注特殊群体，先后与江苏龙潭监狱、南京监狱、江宁监狱等结成帮教单位，在南京监狱、江宁监狱建立法律援助站，发挥民盟的人才优势，开展送教、送法、送医、送文化进监狱的活动，协助干警教育改造服刑人员，为促进社会文明做了大量的卓有成效的工作。组织文化界的盟员深入部队、农村、工厂、市民广场表演精彩的文艺节目，书画家现场创作字画捐献。这些社会公益活动，受到社会的广泛好评。

截至2010年11月底，民盟南京市委现有盟员1838人。