洪武二十一年设。公署在福清方民、新安二里间镇东城内。卫司职官数及品秩同福州左卫。辖左、右、中、前、后5个千户所，俱在卫内，列于两廊前之东西。各千户所职官及品秩均同福州左卫各千户所。另有教场在卫之东门外50步，旱寨3处(松下、大丘、白鹤)，烽燧7处(松下、峰前、大丘、后营、白鹤、大壤、垅下)。屯田新旧共18所，共有田地427顷92亩3分8厘，分布于长乐、福清、兴化府莆田等县境内。原有旗军8687人，万历四十八年减至3200人(内屯操旗军950人、出海旗军460人，屯种旗军1432人、种屯军321人，标兵军31人)。镇东卫外辖梅花、万安两个守御千户所。

梅花守御千户所

洪武二十一年设于长乐县东二十四都。职官数及品秩均同福州左卫各千户所。原有旗军1458人，万历四十八年减至731人(内屯操旗军302人、出海旗军429人)。

万安守御千户所

洪武二十一年设于福清县平南里万安城内。职官数及品秩均同福州左卫各千户所。原有旗军1499人，万历四十八年减至1008人(内屯操旗军568人、出海旗军440人)。