浙江大学儿科研究所依托于浙江大学医学院附属儿童医院。研究所设有浙江省基因诊断中心、浙江省新生儿疾病防治中心、浙江省小儿心血管疾病防治中心、浙江省新生儿疾病筛查中心、浙江省儿童听力筛查管理中心。设有新生儿筛查研究室、胃肠病研究室、血液肿瘤与免疫研究室、遗传代谢研究室等7个研究室。实验室总面积达1500平方米，固定资产近2500万，设备先进，其中万元以上的仪器有330台。儿科学1981、1986、2000年分别被批准为国家硕士学位、博士学位授权点和博士后流动站。1996年被批准为省级重点扶植学科，2002年被批准为省级重点学科。新生儿、儿童保健、小儿血液肿瘤三个专业为省级医学重点学科。2005年创刊的《World Journal of Pediatrics》，系我国儿科学领域中迄今唯一以全英文发表原创性论文的国际性学术期刊，为国际儿科学术交流提供了平台。

研究所有21人次在中华医学会以及其他学术机构中任职，是中华医学会儿科分会和中国医师协会儿科分会副主任委员、中华医学会儿科分会消化学组组长和新生儿学组组长、中华儿童保健学会新生儿疾病筛查学组组长、浙江省儿科学会和儿童保健学会主任委员、《儿科学》八年制教材的副主编单位。除1人担任《中华儿科杂志》副主编外，还有27人担任国际和国内重要学术期刊的主编、副主编和编委工作。浙江省新世纪“151”人才7名。教授31名，副教授56名，讲师76名，其中具博士学位31名、博士生导师10名、硕士生导师35名。

研究所通过优势整合，形成了以新生儿学、小儿胃肠病学和感染性疾病、小儿血液肿瘤学、小儿心血管病学、儿童保健学等为主攻方向的学科特色。6年来，申请到各级各类课题437项，其中国家自然科学基金12项，经费总额达1726万元。获省部级科技成果奖15项，发表学术论文1619篇，其中SCI 收录79篇。SCI收录论文数2004、2005年在全国所有医院中均排名第27位，居全国儿童医院之首。

研究所依托单位是目前我国最大的儿童专科医院之一，是国家和省级重点学科，具有丰富的儿科学临床和基础研究的资源和人才储备；同时，可以充分利用浙江大学多学科的优势进行学科间的交叉合作；与美国、英国、德国、日本和瑞典等著名大学的儿童医院建立了合作伙伴关系。