盐城工学院应用化学研究所于2006年6月成立。现有正教授6人，副教授18人，博士11人，硕士56人，有较为充足的师资力量。此外，拥有博士生导师1人，硕士生导师6人，已联合招收3届研究生，目前在校博士生2人，硕士生9人。仪器设备总值达2000多万元。

研究所设三个重点研究方向和三个一般性研究方向。其中重点研究方向为：湿地水处理技术及机理、化学品清洁生产技术、电化学及化学材料。一般研究方向为：功能化合物的设计合成及应用、生物资源开发关键技术研究和新产品开发。

研究所承担了国家级项目一项，省级项目21项，市厅级项目38项，横向科研项目36项，科研经费达600多万元，通过省级成果鉴定13项，获得省科技进步三等奖1项，市科技进步奖一等奖1项，二等奖6项，发表相关科研论文800多篇，在环境影响评价和海涂测量技术方面拥有国家级资质。