新乡市疾病预防控制中心前身为新乡市卫生防疫站，2005年按照国家疾控体系改革方案，更名为新乡市疾病预防控制中心，并于2008年底搬迁市东区新址。

新乡市疾病预防控制中心承担着全市580万人民群众的重大传染病、地方病、艾滋病防治和突发公共卫生事件应急处置，疫情报告信息管理，免疫预防规划，健康危害因素监测与健康教育促进，食品、饮用水安全、公共卫生产品的检测检验，技术管理与应用研究等8大职能，具体为26项任务、78个项目、266项工作内容。

新乡市疾病预防控制中心对全市13个县（市、区）疾控中心进行业务指导。内设行政管理科室5个：办公室、政工科、药械与后勤科、财务科、科教科（加挂预防医学会办公室牌子）；业务科室10个：传染病预防控制与应急办公室、免疫预防与规划科、地方病预防控制科、性病艾滋病防治科、消毒与媒介生物控制科、健康教育与慢性非传染性疾病防治科、公共卫生科、卫生检测检验中心、质量控制室、预防医学门诊部。专业技术人员84人中有高级职称9人，中级职称41人，初级职称34人。

近年来，在上级机关的关心支持下，以市疾控中心搬迁新址为标志的疾控体系建设得到了加强；市疾控中心与市卫生监督所职能得以理顺；全市市、县、乡、村四级传染病防控网络日臻完善；甲乙类法定传染病发病率低于全国全省平均水平；手足口病、艾滋病等重大传染病防控在全省处于低发状态；甲型H1N1流感防控有力有序有效。在创建国家卫生城市、抗震救灾防疫、重大传染病防治等工作中，获得了的国家、省、市多项殊荣，创建了省级文明单位。特别是省委徐书记、市委吴书记、政府李市长和市人大周主任相继亲临市疾控中心视察指导，更增强了全市疾控系统干部职工做好重大传染病防治和应对重大突发公共卫生事件的信心和决心。