祥芝港位于深沪湾北面，是著名的渔港。历史上是重要海防要地。据明何乔远《闽书》载，“祥芝港东抵外洋大海，南至永宁尾，与崇武所相对。明初徙石湖巡检司于此”。祥芝港岸长3公里，航道长9.5公里，宽0.25～1.2公里，水深10～15米。

祥芝港于1956年发展海上运输业。主要航行于泉州、惠安、福州、厦门、石码、漳州等地。1985年祥芝农民集资200万元，由三航公司设计施工完成310米引堤及相应水电路配套设施。1987年底由国家交通部拨款250万元，省筹款40万元，石狮筹资40万元，批滩地70.24亩，于1988年6月22日二期工程开工，修建500吨级2个泊位码头1座，堆场2000平方米。1992年12月建成投入使用，年吞吐能力10万吨。1993年5月15日举行祥芝港货轮首航香港庆典仪式，1艘500吨位货轮满载石狮服装、食品、板材首航运往香港。1993年12月码头因故被撞坏，1994年10月修复。