系统发育探针（phylogenetic probe），也成系统发生探针，是特定的核酸探针。核酸探针（probe）是能识别特异核苷酸序列的、带标记的一段单链DAN或RNA分子。换句话说，它是能与被检测的特定核苷酸序列（靶序列）互补结合，而不与其他序列结合的带标记的单链核苷酸片段。近年根据rRNA印迹序列制备的称之为系统发育探针（phylogenetic probes），有针对所有细胞生物rRNA的全rRNA探针，有针对某一域内所有生物的域特异性探针，还有针对某些重要的特定科属的特异性探针。