万山出入境边防检查站为正处级单位，隶属于珠海出入境边防检查总站。根据国务院《关于同意开放广东万山港口岸的批复》和广东省政府《关于珠海万山港口岸实施生产性试航的通知》的文件精神，于1998年4月开始筹建。2001年11月，完成与桂山出入境边防检查站（二类口岸）的合署办公，正式成立万山出入境边防检查站和中共万山出入境边防检查站委员会。

万山站勤务管辖范围涉及珠海市万山海洋开发试验区的76个岛屿及800平方公里的海域，主要担负着对进出万山港一类口岸和桂山、外伶仃二类口岸入出境船舶实施出入境边防检查。对港澳小型船舶的检查和监管，垂钓区港澳游艇及人员的检查管理。目前有监管锚地3个。下辖桂山岛、外伶仃岛及大万山岛三个主要执勤点。目前已建设了桂山岛、外伶仃岛两个执勤点，桂山岛(含中心洲岛、牛头岛)面积约13.8平方公里，距离珠海香洲17.5 海里，航程40分钟，离香港大屿山仅3海里; 外伶仃岛面积4.23平方公里，距珠海香洲27.5海里，距香港长洲仅3海里。共有船舶检查执勤点11处（位于桂山岛的中燃油库码头、万山港货运码头、七湾起运码头、小蜘洲起运码头、三角山起运码头、中心洲石场、牛头石场、牛头船厂及位于外伶仃岛的塔湾石场、三门岛石场、直湾石场）。2003年7月5日，万山港口岸正式通航，口岸共设出入境旅客通道共8条，由于客观原因，旅检口岸暂停使用。大万山岛执勤点暂未建设。