皖南医学院基础部成立于1986年，目前拥有15个教研室（解剖、组胚、生理、生化、病理、病生、微生物、寄生虫、药理、生物、预防、体育、外语、物理、化学）、2个学生实验教学中心（机能学实验中心、形态学实验中心）、3个研究室（定量药理研究室、蛇毒蛇伤研究室、医学遗传研究室）、4个硕士学位授予点（药理学、病理学与病理生理学、病原生物学、生理学）、5个省精品课程（病理生理学、医学免疫学、医学微生物学、药理学、人体解剖学）、1个国家三级实验室（药理）、1个省实验教学示范中心（机能实验中心）。现有教职工200余人（教师 159人，实验技术人员38人），其中教授9人，副教授36人，讲师49人；具有博士学位者8人，硕士学位85人，硕士以上学历者占教师总数54.8 %。是皖南医学院最大的教学单位，承担着全院各专业层次（包括硕士、本科生和成人教育本专科生）的基础医学和公共学科教学任务，年教学学时达5万学时以上。

20多年来，基础部在学院党政领导的关心和支持下，坚持以教学为中心，建立健全各项教学管理制度，严谨治学、注意提高教学质量，不断深化教学改革，加强教材和教学研究，在教学、科研、学科建设、人才培养、精神文明建设等各方面都取得了很大成就。我们将紧紧围绕培养高层次的医药卫生事业人才这一根本任务，继续依靠广大教职工艰苦创业，勇于改革，锐意进取，为皖医的建设和发展再创辉煌。