美圣公会主办。清光绪六年(1880年)文恒理(H.W.Boone)在同仁医院创办医科。光绪二十二年(1896年)，圣约翰书院改组，设医学部，文恒理任主任，将同仁医院生员并入,学制4年,校址:极司非而路(今万航渡路)1575号。光绪三十二年(1906年),圣约翰书院改名圣约翰大学，在美注册，学制改为7年，医学生毕业后授予医学博士学位。民国3年(1914年)，广州宾夕法尼亚医校与上海圣约翰大学医学部合并，沿用圣约翰大学医学部名称。民国36年更名为圣约翰大学医学院。1949年有教师59人，在校学生298人，应届毕业生25人。实习医院为同仁医院，共有床位400张。

1952年9月,全国高等学校院系调整,圣约翰大学医学院撤销。72年中共毕业学生466人。