深圳南山教会历经广大信徒和牧者几年的共同努力，于2002年12月18日，审批通过成立 “基督教南山聚会点”，由南山信徒自发组织，租东部石油桃苑小区H栋4层工业厂房，作为聚会崇拜及其他活动之用，其时，场地面积只有300平方米左右，开始聚会人数也只有300人左右。同年12月25日南山教会举办成立典礼并庆祝圣诞节，中共南山统战部、南山区公安局、南山区街道办事处及深圳市两会牧者，与南山信徒欢庆一堂，共颂主恩、同沐主爱。

成立之初，每礼拜日早上九点为主日崇拜，并有礼拜四查经祷告会，后相继开始主日早晨五点钟的晨更祷告，并成立本堂诗班、售书组、大小班主日学、卫生组。由于信徒人数的发展，2003年下半年，聚会场地扩大，由300平方米扩展至现有的700平方米，这时主日聚会人数已增至1500人之多，并开始早晚两堂聚会。同年年底成立杏树诗班、接待组，2004年成立赞美诗班、弟兄诗班、青年团契、妇女团契，2005年成立晨露诗班，英语查经班，2006年成立福音小组，并开始礼拜一晚上灵修学习，2007年开始礼拜六上午义工学习，2008年成立天恩诗班，同年年底，成立同声翻译组，增加英语听区，2009年元月，成立《天都》编辑部，并出版《天都》报纸首刊。

目前，南山教会礼拜天有两场崇拜，参加人数约2000人次，从成立开始，每年两期洗礼，至今共举办12期，每期洗礼人数均达一百人以上，教会每年举办两期慕道班，至今约1200多人受洗归主。目前聚会场所已无法满足信徒的需要，福音广传、信徒日增，南山教会正在筹备建教堂事宜。