上海市动物疫病预防控制中心和上海市兽药饲料检测所为两块牌子一套班子，是市农委直属全额拨款公益类事业单位。中心和所的前身分别为上海市畜牧兽医站和上海市兽药饲料监察所，成立于1962年和1984年。

中心共有人员编制90名，实有职工74名，其中专业技术人员68名，党员34名，平均年龄39岁。专业技术人员中，研究员7名，副高职称20名，博士5名，硕士32名。中心内设有防疫物资科、城区动物防疫科、郊区动物防疫科、动物疫情测报科、兽医疾病诊断中心、兽药饲料检测所、畜牧科、宣教科等11个职能科室。上海市动物疫病预防控制中心实验室和上海市兽药饲料检测所实验室均通过了计量认证和国家实验室认可。

根据相关法律法规和政府委托，中心主要承担有三大工作职责：一是重大动物疫病和人畜共患病防控的技术支撑；二是畜牧投入品和畜产品安全监测；三是畜牧业技术的研究、推广、培训和服务。

根据职责，中心当前开展的重要工作：一是突发兽医公共卫生事件和畜产品安全事件的应急处置工作，如高致病性禽流感、口蹄疫、猪链球菌病、甲型H1N1流感等疫情和瘦肉精、三聚氰胺等中毒事件；二是开展对本市重大动物疫病和人畜共患病的免疫、监测、检测、诊断、预警预报、流行病学调查、免疫效果评估、疫情报告、风险评估等工作，年均组织供应疫苗1亿多毫升、监测样本30多万份;三是开展畜产品和畜牧投入品监测工作，年均监测瘦肉精等违禁药物样品5万多份，兽药饲料质量检测检验4500多批；四是组织开展生猪科技入户工程、种畜禽种质监测、畜牧兽医从业人员继续教育培训、畜牧兽医科研项目实施、行业技术标准制修订等工作。

中心以科技创新为宗旨，以科学管理为手段，以优质服务为目标，以文明创建为抓手，扎实履行工作职能，努力争创一流业绩，十年来获上级部门颁发的各类荣誉70余项，各条战线硕果累累。行政方面，中心先后获得全国动物防疫工作目标管理考核甲等、全国动物防疫重点工作落实情况检查中检疫工作甲等、全国兽药质量监督残留监控先进集体、全国兽药残留监控先进集体、全国饲料质检体系30年饲料质量安全监测先进单位、全国饲料质检体系30年饲料检测技术研究先进单位、饲料质量安全整治暨执法年行动先进集体全国“助奥行动”先进集体、全国农业科普先进集体、市A级财务会计信用等荣誉称号。科研方面，中心组织实施的各类科技项目60多项，其中获国家科技进步奖2项、全国农牧渔业丰收奖2项、上海市科技进步奖3项、上海市科技发明奖1项；主持编写地方标准43项，其中4项标准获市级科技奖励；有3项技术成果获国家知识产权局专利证书。党工团方面，中心被评为市农委文明单位、市级平安单位、市级健康单位，党支部被评为“上海市经济工作党委系统先进基层党组织”、“市农委党组先进党支部”，团支部被评为“市级机关先进团组织”、“市农委先进团支部”，兽医和药检实验室被评为“上海市新长征突击队”、“共青团号”，兽医疾病诊断中心被评为“上海市红旗班组”，兽药残留室被评为“上海市文明岗”，城区动物防疫科被评为“市农委系统新长征突击队”。