在云冈窟顶一区和二区连续两年的发掘，发现两处北魏至辽金的佛教寺院遗址。

西部寺院遗址位于一区，发掘于2010年，是一处较完整的寺庙遗址，包含北廊房、东廊房、西廊房、南廊房、塔基和砖瓦窑等遗迹。

北廊房遗迹全长61.5米，由15间房组成，房前现存12个柱础。西廊房遗迹长13.5米，有房2间；东廊房遗迹约18米，有房3间；方形塔基边长约14米，。砖瓦窑遗迹共有2处。遗址时代为北魏，是我国现存最早的佛教寺院遗迹。

东部寺院位于二区，发掘于2011年，是一处北魏辽金佛教寺院遗址，包含塔基、石柱础、铸造井台、熔铁炉、水井遗迹等遗迹。塔基中部的方形夯土塔心是北魏遗迹，外围八角形边框当为辽金扩充补建。铸造工场遗迹现存地穴式铸造井台和30座熔铁炉遗迹。熔铁炉环绕于铸造井台周围，一头有鼓风口和安装固定风箱的遗迹，炉内有铁渣，坩埚碎片等，是我国最早的地穴式铸造井台。

该遗址出土的建筑构件和器物时代属北魏至辽金。两处寺院遗址的发现，有助于了解北魏云冈寺院的结构、布局和规模，印证了《水经注》描写云冈石窟当年“山堂水殿，烟寺相望”的雄宏气象。