神宗万历29年（1601年），实行改土归流，以仁怀里、龙门里、上赤水里、丁山里、小溪里等设仁怀县，隶四川行省之遵义军民府。清初承明制；世宗雍正6年（1728年），随遵义府改隶贵州；高宗乾隆3年（1738年），划仁怀县之仁怀、河西、土城3里归旧城通判，称遵义分府；13年（1748年），改遵义分府为遵义厅，也称仁怀厅；41年（1776年），改遵义厅为仁怀直隶厅，归贵州粮储道。治所在今故治赤水市。1913年废。