泉州市基督教于1957年成立泉州市基督教 三自爱国运动委员会，1984年又成立了全市性的教务组织—泉州市基督教协会。两个组织一套班子,简称泉州基督教两会，是全市基督教最高行政机构，之间是分工合作的平行关系，负责管理行政区域里九个县（市、区）级两会组织，177座教堂和260多位专职牧师和传道。现任三自爱国会主席苏伟垣牧师、协会会长林敦琦牧师。

1979年重申党的宗教信仰自由政策以后，泉州市基督教各项工作得到正常发展。市两会带领近15万信徒走爱国爱教道路，积极推进神学思想建设，全方位多层次培养人才，提高整体素质，逐步确立处境化的教政体制。积极参与各项社会活动，发挥教义教规中的积极因素，关爱社会、赈灾济贫、助学抚孤，合计人民币600多万元以上：组织信徒中的名医，到少数民族地区和山区开展义诊赠药活动，从1996年至今，共义诊61822人次，为患者节省医药费用2162775元人民币，并引进外资、鼓励基督徒企业家、商家回报社会,关爱人群，捐资不在2亿人民币以下，为社会作出应有的贡献。