琼结宗遗址位于琼结县政府后青瓦达孜山上，海拔3800米，面积1600平方米，主要分永新康、康尼、宗府和监狱四处，下辖15个溪卡，琼结宗约建于一世达赖时期(明代)，具体时间早于日乌德钦寺，为琼结桑旺多吉、次旦朗杰修建。

噶厦时，琼结宗设宗本2人，不分正副职，其职权为上传下达噶厦公文指令，收派差税，处理案件、调解纠纷。在宗本全权负责下，设内外务的办事人员，内务方面有列仲、康涅、盖巴6人，主要管理宗政府机关文书、财产和执行衙役、执罚等;外务方面有卓扎，或叫定本、错本，共4人及根保若干人。卓扎和根保的任期不定，有的是终生或世袭。卓扎的任务是执行上司指令，如分配新定差额，保管、审核支外差的文件账本，收发粮食差物，管理粮仓等。根保则直接从百姓手中收取差物，管理奴隶。