管理科学与工程系是清华大学经济管理学院历史最为悠久的系之一。其前身为清华大学管理工程系，于1979年成立，并开始招收管理工程专业研究生，1980年招收首届本科生。1984 年，经济管理工程系扩建为清华大学经济管理学院。1985 年，建立管理科学与工程博士后流动站。1986 年获得“系统工程”博士授予权。2001年管理科学与工程学科被评为国家重点学科。

管理科学与工程系现有在职全职教师21人，其中教授7人、副教授9人、讲师5人，并聘有多名国外资深学者担任访问教授。本系教师承担多项国家自然科学基金和部委的研究课题，同时也承担许多来自企业的研究课题。目前拥有电子商务实验室、软科学实验室、企业资源规划（ERP）实验室等多个开放式研究平台。主要研究方向包括管理信息系统、供应链管理、电子商务、企业信息化、复杂系统建模与决策、商务智能与决策支持系统、系统工程、数据模型与模糊信息处理、运筹学、优化模型、统计模型及其商业应用等。全系共有在读本科生、硕士生及博士生200余名。

系主任：陈剑教授。