（1）从存在的位置上看

胚囊位于被子植物花的雌蕊中，属于子房中胚珠的一个组成部分，所以是植物的结构之一。囊胚是动物的受精卵在分裂的过程中，经过了细胞的多次有丝分裂之后形成的球状胚体，所以是动物个体发育中的一个时期。

（2）从发生的过程看

1.胚囊的发生过程在植物的胚球中，首先产生了胚囊母细胞（大孢子母细胞），它经过一次减数分裂，共形成了4个细胞，其中一个是未成熟的胚囊（距珠孔远），另外3个细胞（距珠孔近）逐渐退化消失，剩下的未成熟胚囊体积不断扩大，占据了胚珠的大部分空间，同时它的核进行3次有丝分裂，从而产生了具有8个核的胚囊，这8个核分别位于胚囊的两级。以后，两级各有一个核移向胚囊的中间，融合成为一个中央细胞称为极核。近珠孔的3个细胞，1个发育成为卵细胞，另两个发育成为助细胞。珠孔反向的3个细胞称之为反足细胞。这就是一个成熟的胚囊。

2.囊胚的发生过程：在动物胚的发育过程中，当形成了球状胚体后，在球状胚体的内部，由于部分细胞的解体消失，而留下一个空腔，这就是囊胚腔，具有囊胚腔的发育时期就叫做囊胚。

（3）从形成的变化看

胚囊成熟，通过传粉及一系列的变化后，完成双受精作用。一是由1个精子和一个卵细胞相结合形成受精卵，经过一段时间的休眠后，发育成种子的胚。二是由1个精子和2个极核相结合形成受精极核，不经过休眠，直接发育成种子的胚乳。

囊胚形成后，由于动物极和植物体细胞的分裂速度不同，动物极细胞分裂速度快，从外包裹植物极，植物极细胞分裂速度慢，向胚囊腔里推移，最后形成了原肠胚。