内源指示剂是指用饲粮或饲料自身所含有的不可消化、吸收的物质作指示剂，如盐酸不溶灰分。内源指示剂可减少将指示剂混入饲粮(饲料)的麻烦，而且用此法测定饲料消化能和蛋白质消化率与全收粪法无显著差异。但是，由于此方法是测定饲料和粪中的盐酸不溶灰分，粪的收集绝不可污染含有不溶灰分的砂粒等杂质。