内蒙古医学院医药应用技术学院是由内蒙古医学院成人教育学院和内蒙古医药职工中等专业学校于2004年整合组建而成的高等职业技术学院。内蒙古医学院医药应用技术学院位于内蒙古呼和浩特市赛罕区大学东路，占地60亩，教职工69人。学院有高级职称9人，中级职称20人。教学任务主要由内蒙古医学院各分院教研室承担，图书馆与内蒙古医学院本部资源共享。

内蒙古医学院医药应用技术学院依托内蒙古医学院教育资源，以服务为宗旨、以就业为导向、立足市场、服务社会、根据市场需求，开设药品营销、制药工程、医疗仪器维修、医学检验、医疗保险、眼视光学技术、临床医学、中西结合、护理和药学十个新高职专业，学制三年。2004年招收新生500人，三年内在校生将达到1500人。内蒙古医药应用技术学院将积极为社会和自治区经济发展培养具有较强实践能力和良好职业道德的高级医药类技术人才。