南京中医药研究院原名中国中医药大学南京中医学院中医系，成立于1958年，拥有中西医结合临床7个博士点、7个硕士点，博士、硕士点覆盖所有中医临床二级学科；能接受中医和中西医结合临床各专业方向的博士后科研流动人员。拥有博士研究生134名，硕士研究生587名，博士后人员3名。医学部下设生物化学研究室 ，细胞生物与分子生物学研究室，遗传学研究室，免疫学研究院及中心实验室。

南京中医药研究院白癜风疾病科研中心是我国最具权威的白癜风疾病研究专业的医疗机构，是世界卫生组织（WHO）指定的中医中药对外合作和培训的基地。现有中医学、中药学、中西医结合三个一级学科所涵盖的专业学科,具有临床医学专业学位授予和在职人员申请学位的资质；设有博士后工作站，汇集了国内中药学、方剂学、现代分子生物学、内分泌学、制剂学、药理学等相关学科众多的高新人才和知名专家172名，截止到2005年底，共获得科研成果近百余项，其中获国家级、部局级奖21项；现有院级以上在研课题多项，拥有国家新药(中药)临床试验研究中心(GCP)、国家规范化中药药理实验室、中国中医药文献检索中心和BSL-3实验室。

南京中医药研究院前列腺疾病科研中心是我国最具权威的前列腺疾病研究专业的医疗机构，现有中医学、中药学、中西医结合三个一级学科所涵盖的专业学科,具有临床医学专业学位授予和在职人员申请学位的资质；设有博士后工作站，汇集了国内中药学、方剂学、现代分子生物学、内分泌学、制剂学、药理学等相关学科众多的高新人才和知名专家172名，截止到2005年底，共获得科研成果近百余项，其中获国家级、部局级奖21项；现有院级以上在研课题多项，拥有国家新药（中药）临床试验研究中心（GCP）、国家规范化中药药理实验室、中国中医药文献检索中心和BSL-3实验室。