巢湖市交通局内设办公室、法制科、财务审计科、运输科、交通规划建设科、交通战备办公室和组织人事科，共5科2办；下辖市公路管理局、市地方海事局（港航管理局）、市公路运输管理处、市农村公路管理局、市交通局巢城运管所、市交通道路运输稽查队、市交通基础设施质量监督站和安徽交通集团巢湖汽运公司、巢湖造船总厂等9个单位，同时，对五个县区交通局实施行业领导。其中市地方海事局（港航管理局）人、财、物三权在省地方海事局（省港航管理局），党组织关系和水上安全及业务指导在我局；市公路局财权、物权在省公路局；市汽运总公司于2006年8月29日有条件整体划转省交投集团、党组织和业务指导在我局；巢湖造船总厂于2005年12月14日成功拍卖出售给7410工厂。目前，全市交通系统共有职工近万人，市局机关19人。主要职能是负责全市交通基础设施规划、建设、养护和管理；负责全市公路客货运输、水路运输、汽车维修、驾驶培训行业管理；负责全市交通规费征收管理和道路运输路政、运政、规费的稽查；负责全市交通建设市场管理和质量监督；负责全市地方水上交通安全监管、交通战备和全市交通系统文明创建等工作。 近年来，全市交通系统广大干部职工落实市委提出“一年小变化、三年中变化、五年大变化”的总体要求，抢抓机遇，奋力拼搏，保持了以交通基础设施建设为重点，各项交通工作同步发展的良好势头。截止2008年底，全市公路总里程达13242公里，其中：国道44.1公里、省道785.9公里、县道1867.4公里、乡道2366.4公里、专用公路17.4公里、村道8160.8公里。航道总里程达983.9公里，其中：内河等级航道815.9公里、长江航道（巢湖境内）168公里。