离子交换柱色谱法常用于分离氨基酸。在一定的PH条件下，不同氨基酸由于等电点不同所带的静电荷不同，与离子交换树脂结合的能力不同。这样就可以根据欲分离的氨基酸的性质选择阳离子或阴离子交换树脂与这些氨基酸反应。然后再选择一定PH和离子强度的缓冲液进行洗脱，不同的氨基酸和树脂的结合能力不同。在洗脱过程中，将一次被从柱上洗出，达到相互分离的目的。这就是离子交换反应。