金山深槽是一道海底深水槽，始于大、小金山间的金山门海峡，向西延伸。长11.3公里；其宽度按负15米等深线测量，在金山门海峡为1.5公里，戚家墩前为1.7公里，金山滩嘴(上海石油化工总厂纬三路)前为2.2公里，过此即逐渐收狭为0.6公里，至纬七路前终止。金山嘴附近及石化厂前沿深水区靠近陆部海岸，负8米等深线离岸仅800米。深槽底部由一系列深潭串连而成，一般深度在负30～40米之间，以大小金山附近为最深，达负50米左右。

深槽东部北侧，靠近小金山西麓的海底有两道东西走向的水下砂堤，系深槽在形成过程中由海流冲刷翻卷堆积而成。深槽西端有两个不同方向的深潭，较小的一个指向西北，较大的一个指向正西，表明金山深槽具有活动性。

金山深槽是涨潮激流冲刷淘蚀的结果。金山沦海以后，起初在大、小金山之间尚保留着一小块陆地，在海潮不断侵蚀下，宋末元初已完全消失，于是大、小金山之间便形成一道海峡，即“金山门”。金山门海峡形成后，原来必须绕过金山的潮流，就由金山门向西直冲；并且由于两山的挟持，使潮流在通过金山门时，潮位升高，能量集中，产生强烈的下淘作用，使金山门以西逐渐冲刷出一道深水槽。明嘉靖年间(16世纪中叶)，深槽西端尚未越过今金山嘴正南。嘉靖以后，深槽随着潮势的增强不断向西伸展。至清雍正、乾隆年间(18世纪中叶)，已伸展至金山卫南滩地前沿。乾隆《金山县志》卷首海塘图注：“沙滩外有沙堤，堤下深不可测，盖潮激金山，直冲其地故也，与他处以渐而深者不同”，所指即金山深槽。民国20年(1931年)，负20米深水区已由金山门伸展至戚家墩前沿，1953年已越过金山滩嘴(今纬三路)，1972年又向西延伸1公里。

金山深槽使金山县近岸水域形成一片广阔的深水区，具有建设深水海港的有利条件，但深槽又具有活动性，如向北摆动则危害极大。现据河口海岸有关专家分析，金山深槽70年代以来处于相对稳定状态。金山嘴今已被列为上海新港区的选址之一。