吉木萨尔县疾病预防控制中心重建于1975年，当时系股级机构，原机构名称为卫生防疫站，1982年12月升为正科级单位，更名为吉木萨尔县卫生防疫妇幼保健站，2003年根据吉县编发[2003]32号文件《关于吉木萨尔县疾病预防控制体制改革和吉木萨尔县卫生局卫生监督体制改革的实施意见》的通知，更名为吉木萨尔县疾病预防控制中心，全额拨款，业务隶属于吉木萨尔县卫生局。

疾病预防控制中心是政府实施疾病预防与控制、卫生检测与卫生评价、健康教育与促进、业务培训与指导、技术咨询与服务为一体的新型疾病预防控制机构，是吉木萨尔县疾病预防控制技术指导中心和技术咨询、服务机构。中心现有在岗人员25人。其中：男13人，女12人，党员7人，少数民族3人，管理人员1名，专业技术人员21人（副高职称2人、中级职称6人、初级职称13人），工勤人员3人，大专以上学历9人。

内设机构

根据精简、统一、效能的原则，吉木萨尔县疾病预防控制中心设7个内设机构。行政办公室、财务科、健康教育与促进科、传染病防治科、免疫规划管理科、检验科、结防科。

职责任务

（一）、负责实施本县重大疾病预防策略与措施；

（二）、负责向卫生行政部门提供公共卫生检测结果与信息服务；

（三）、负责向卫生主管部门报告重大公共卫生问题，组织调查处理重大疫情、群体性原因不明性疾病和突发公共卫生事件，为本县防病救灾和解决重大卫生问题提供技术指导；

（四）、受县卫生行政部门认定，开展健康相关产品检验和评价；

（五）、负责开展疾病预防控制研究、解决重大技术问题；

（六）、负责本县乡镇防疫人员的培训及对乡镇防疫工作的业务指导；

（七）、承担县卫生局交办的其它工作任务。