吉林市气象局属中直单位，实行上级气象主管机构与吉林市人民政府双重领导，以上级气象主管机构领导为主的管理体制，机构规格为正局级。吉林市于1958年7月成立气象台，1973年7月成立市气象局。2001年11月气象部门机构改革后，全市气象部门核定编制为119名，在职职工110人；市局机关内设3个处室：办公室（人事处）、业务科技处、政策法规处，编制18名；下设5个直属事业单位：吉林市气象台、吉林市气象科技服务中心、吉林市雷电监测与防护技术中心、吉林市人工影响天气中心（吉林市气象监察支队）和财务核算中心，编制28名；下属8个县（市）气象局（站），编制66名。研究生11人，占全局职工数的10%；大本57人，占全局职工数的51.8%；大专20人，占全局职工数的18.2%。高工8人，占全局职工数的7.2%；工程师40人，占全局职工数的36.4%。主要承担大气综合监测、天气预报、公共气象服务、气象灾害应急管理、应对气候变化、气候资源保护与开发利用、农业与生态、人工影响天气、雷电防护管理、气象科技服务等基本业务和政府部门行政职能工作。