吉林省社会科学院历史研究所成立于1978年10月，其前身是成立于1958年7月的中国科学院吉林分院历史所和成立于1962年7月的东北文史研究所历史一、二、三室。1969年随单位一起被撤销。1978年建立吉林省社会科学院时成立历史所。1981年增设东北地方史研究所，1987年撤销并入历史所。

历史所的首任所长是著名历史学家佟冬，历任所长有刘家磊、张本政、李治亭、赵鸣岐；东北地方史研究所所长先后由王承礼（兼任）、周兴担任。现任所长刘信君，副所长杨雨舒。自建所以来，先后有54人在历史所从事过科研和行政工作，其中研究员22人。现全所有科研人员12人，其中研究员4人，副研究员3人，助理研究员3人，实习研究员2人。

自建所以来，历史所先后主持承担了国家级哲学社会科学规划课题2项，东北边疆历史与现状系列研究工程课题（部委级）7项，中国社会科学院中日历史研究中心课题（部委级）1项，吉林省哲学社会科学规划课题10余项。

自建所以来，共出版专著、专书100余部，发表论文800余篇。出版的最重要著作为《中国东北史》（共6卷），另在《历史研究》上发表文章3篇，在《光明日报》上发表文章4篇，《新华文摘》全文转载文章6篇，被人大报刊复印资料全文转载文章20余篇，在港、台报刊上发表文章30余篇。

历史所研究人员中先后有18人 20 余次获省级以上科研成果奖励，其中一等奖9项，二等奖8项，三等奖4项，优秀奖、特别奖、荣誉奖各1项。