基因铭印（英语：Genomic imprinting）又译铭印、印痕等。也称遗传铭印（genetic imprinting）。是一种遗传学现象，指只有来自特定亲代的基因得以表现。此现象已知可见于昆虫、哺乳类及开花植物。

在一般二倍体生物的体细胞中拥有两份基因组，通常这两份基因组中的等位基因都能表现。但少数（小于1%）的基因会受到铭印的影响，使其中一份基因失去作用。例如一种制造类胰岛素的生长因子IGF2的基因，只有来自父亲的等位基因能够表现。