涵江区档案馆成立于1987年3月17日，是集中统一保管全区档案事业行政管理和区级各机关、团体及其所属单位的档案的国家综合性档案馆，1999年12月晋升为三级馆，2005年12月晋升为二级馆。

2000年6月13日，中共莆田市涵江区委编委决定成立“涵江区城建档案室”，区档案馆加挂“涵江区城建档案室”牌子，履行城市建设项目档案的收集、编制、验收、保管、利用的职能。2005年4月25日，经区委、区政府研究同意，设立“莆田市涵江区已公开现行文件利用中心”， 并指定为集中查阅利用党委、政府及其工作部门公开信息和政策性规范性现行文件的场所，中心的主要工作依托涵江区档案馆开展，具体业务接受区档案局监督指导。

1999年前涵江区档案馆（局）在区政府办公大楼5层，办公、库房面积仅40m2。1999年区委、区政府在区机关大院内调整一栋独立楼房作为档案用房，面积500 m2。2005区委、区政府将新涵大街一栋独立建筑面积约为1800 m2的楼房调整档案馆使用，并拨出专款予以改造。

现有馆藏档案50个全宗，时间跨度1962-2007年，馆藏档案累计达3.1万卷，主要内容：一是1984年涵江建区前的乡镇档案；二是建区后区委、区人大、区政府、区政协、区纪委等区五套班子及区直各部门档案；三是工程档案；四是会计档案；五是破产企业档案。资料总数966册，主要有文件汇编类、图书综合类、档案工作类、文史资料类、报纸类。