清代前期的经制兵(正规军)有八旗兵和绿营兵两种。清在福建设福州将军，统辖驻省城的八旗兵，并节制陆路提督所辖的绿营兵。其直属的部队称军标。驻福州的闽浙总督、福建巡抚直属的绿营兵，分别称督标、抚标。绿营兵除陆路各镇营外，在福州地区的水师有海坛镇和闽安协。

八旗兵入关不久开始腐化。绿营兵亦日趋腐朽。鸦片战争后，绿营迭经裁汰，仅存虚名。清政府先后建立湘军、淮军、新水师(海军)和新建陆军，作为取代八旗、绿营的正规军。在福州马尾创办船政，附设船政学堂，制造兵轮，建立福建新水师。

(一)驻防八旗兵

1.福州将军衙门

康熙十九年(1680年)，置镇守福建福州等处将军，简称镇闽将军或福州将军，为驻闽八旗兵最高长官，从一品官。福州将军署在福州府治东街南向旧织染局(今省立医院址)，属官有清字外郎4人、书识8人、执事人役56人。辖本标驻防满洲八旗营、绿旗左右营、绿旗营(由福州城守协右军兼军标)、驻防汉军水师旗营，共有官兵4400余人(不含福州城守协右军1400余人)；并节制绿营兵的陆路镇协。

2.副都统署

康熙十九年(1680年)，置镇守福建福州等处副都统一员(雍正六年分设左翼副都统、右翼副都统，乾隆四十四年复旧)，为正二品，由将军管辖。除协理军事、节制绿营的陆路镇标外，还主管旗民的户籍和民事。副都统署在福州府治东街南向(左翼副都统署设在仙塔街大王府，右翼副都统署设在城守前)，属官有书识8人，执事人役38人。

3.驻防满洲八旗营

康熙十九年(1680年)清廷在福州设驻防四旗，即镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗，皆汉军。驻地在城之东隅。四旗营负责各城门之启闭与防守。乾隆十九年(1754年)添设正黄、正白、镶红、镶蓝四旗，并改为满洲八旗。8个旗营共有官佐64人(内24人占用兵额)，兵2160人，合计2200人。其中协领兼佐领8人(每旗1人)，佐领8人(原每旗2人，乾隆年间裁1人由协领兼)，防御8人(每旗1人)，骁骑校16人(每旗2人)，额外虚衔金顶24人(名额在领催、前锋内)，领催兵160人(每旗20人)，前锋兵200人，马甲兵1200人，匠兵40人，步甲兵400人，养育兵(不满16岁者与闲散余丁)160人。兵战马400匹。

4.将军标绿旗左右营

康熙三十年(1691年)，福州将军直属部队增绿旗左、右两营，共有官36人，兵1575人，兵战马166匹。其中，绿旗左营有参将1人、守备1人、千总2人、把总4人、外委千总把总5人、额外外委5人，马战兵77人，步战兵387人，守兵321人，兵战马87匹；绿旗右营有游击1人，守备以下设官与左营同，马战兵79人，步战兵390人，守兵321人，兵战马79匹。俱驻防省城福州。

5.驻防汉军水师旗营

雍正六年(1728年)，设驻防汉军水师旗营，驻闽县洋屿，亦称“洋屿营”。有协领1人、佐领2人、防御2人，骁骑校(编制6人)暂缺，汉军领催兵30人，汉军旗兵485人，计官兵520人，另清字外郎1人。大小战船共16艘。日常在闽江下游巡哨，负责捕盗缉私，拱卫省城。每年春秋在三江口(闽江、上洞江、琴江汇合处)演习，将军、副都统亲往阅操。