清康熙十九年(1680年)，以闽安右营改设烽火营，驻三沙海口。康熙二十三年(1684年)，移驻秦屿，设参将、守备各1员，千总2员、把总4员、步战守兵912人，战船13只。乾隆四年(1739年)置福鼎县后，烽火营仅巡防霞浦外海，设参将、守备各1员，战哨船4只，兵240人；分防烽火汛战船1只，兵16人，兼辖小嵛山烟墩望兵6人；分防三沙汛千总、外委各1员，战哨船3只，兵9人，兼辖五澳烟墩望兵6人；分防斗米汛千总、外委各1员，战哨船2只，兵80人，兼辖斗米烟墩望兵3人。

嘉庆七年(1802年)，又以福宁镇标左营改设水师左营，驻三沙海口，设游击、守备各2员、千总1员，把总、外委、额外各4员，战守兵757人，大艇3艘，“福得胜”舰3艘，一、二、三等龙艚3艘，巡洋座驾船1艘，大小炮260尊。