蛋白氨基酸是指在蛋白质内可找到且编码在标准遗传密码中的二十种氨基酸。

非蛋白氨基酸则是指在蛋白质内找不到（如carnitine、GABA和L-DOPA），或没有被标准遗传密码编码（如hydroxyproline和selenomethionine）的其他氨基酸。后者通常源自于蛋白质的转译后修饰作用。

某些非蛋白氨基酸（如鸟氨酸和homoserine）对于生物缺少将其组进蛋白质内的功能有着很清楚的根本因素；如前面所举的两个氨基酸就会cyclize against the peptidebackbone and fragment the protein with relatively short half-lives.